本堂 （国宝 鎌倉時代前期）
この建物は内部にある石仏龕を拝むための礼堂（らいどう）として建立されました。近世には灌頂堂とも呼ばれていました。
正面の間口を広縁にし、蔀戸（しとみど）を用いています。軒まわりは垂木を用いず厚板で軒を支えています。
また、棟、軒および床が低く、仏堂というよりは中世の住宅をしのばせる要素が随所に見られます。
柱間の上にある蟇股（かえるまた）は垢抜けした優美な形状をしています。
南門 （重要文化財：鎌倉時代前期）
本堂の正面に建つ表門で、軽快な四脚門です。本堂と同じく厚板で軒を支えています。装飾性のない簡素な構造形式であまり類例が見られません。
もとの位置は道路側に突き出ていました。築地塀が両側に続いています。
石仏龕 （重要文化財：平安時代～鎌倉時代）
わが国では非常にめずらしい石仏です。龕（がん）とは仏像を納める厨子を意味します。すべて花崗岩の切石を用いて築造されています。龕中央に本尊地蔵菩薩、その左右に釈迦如来、弥勒菩薩を浮き彫りで表しています。
そのほか、仁王、聖観音、不動明王、十王、四天王、五輪塔、あるいは観音、勢至菩薩の種子（しゅじ＝シンボルとなる文字）などが地蔵菩薩の周りに巡らされ、極楽往生を願う地蔵世界を具現しています。龕前には死者の身骨や棺を安置するための引導石が置かれています。
また龕の上部、左右には北斗七星、九曜、十二宮、二十八宿の星座を梵字で陰刻し、天災消除、息災延命を願う現世利益の信仰も窺い知ることができます。
引導石の左右には南都仏教に伝統的な「金光明最勝王経」「妙法連華経」の経幢が 立てられています。
この石仏龕は当時の南都仏教の教義を基盤に民間信仰の影響を受けて製作されたもので、めずらしい構成を示しています。大陸的な印象を受ける技法で彫刻されていることも注目されます。
不動明王および二童子立像 （重要文化財：平安時代）
護摩堂に祀られています。智証大師の作といわれています。
髪を巻髪にし、左肩に弁髪を垂らし、左目を細め、左の上牙と右の下牙を見せて唇を噛む忿怒相を示しています。右手に剣、左手に羂索を執り、二童子を従えて岩座上に立っています。
向かって右方の矜羯羅（こんがら）童子は合掌して不動を見上げ、左方の制多迦（せいたか）童子はやや腰を曲げて振り向きながら不動を見上げています。
平安時代後期には、恐ろしさの中に優美さを求め、ふっくらとして、装飾性豊かな不動明王が現れますが、この像もその系譜を引いています。
古くより、『一願不動尊』として信仰を集めています。
十輪院宝蔵 （重要文化財：鎌倉時代初期）
一間四方の小さな校倉で、正面扉の内外に四天王、内部側壁には大般若経有縁の菩薩や十六善神が描かれています｡
床下の四方にも十六善神を4躯ずつ線刻した板石がはめ込まれためずらしい形式です｡
軒に垂木を用いない様式は本堂の様式と同様です。また板石の彫刻は石仏龕の諸仏と同じ表現の仕方で彫られています｡
この宝蔵には当山開基とされる朝野魚養の筆になる大般若経六百巻（天平時代）が納められていました｡大般若経は明治時代の廃仏毀釈のとき奈良・薬師寺の所有となり、その後、奈良国立博物館、藤田美術館などにも分蔵されることになりました。一般には「魚養経」といわれ、一部は国宝に指定されています｡
宝蔵は明治15年、東京国立博物館に移され、現在に至っています。